対処法を簡単に言うと、
レイヤーを全部選択してスマートオブジェクトにする。
そのスマートオブジェクトを開いて保存する。
これだけ。

▼手順

レイヤー全部を選択して右クリック
↓
スマートオブジェクトに変換
↓
レイヤーのサムネイルをダブルクリックするか、
レイヤーを右クリックして、コンテンツを編集を押す
↓
インフォメーション画面?が出るのでOKを押す。

↓
開かれたウインドウにはレイヤーが全部入っている。
ここで別名で保存すればOK